Phần lớn doanhnghiệp không đánh giá tốt trong thủ tục thông quan đối với hàng kiểm tra chuyênngành. Tỷ lệ đánh giáở mức bình thường lên đến 60% -70%, trong khi tỷ lệ doanh nghiệp đánh giá cácthủ tục dễ thực hiện không nhiều, chỉ khoảng 15% - 27%. Bên cạnh đó,Nhiều mặt hàng chịu sự kiểm tra chồng chéo giữa các bộ  còn phổ biến hoặc giữa các đơn vị trong mộtbộ. Tình trạng này đã được doanh nghiệp phản ánh nhiều lần, nhiều nơi nhưngchưa được giải quyết.