Thời gian qua, có một số doanh nghiệp lợi dụng sự thông thoáng của cơ chế, chính sách để sử dụng hóa đơn không hợp pháp và sử dụng không hợp pháp hóa đơn nhằm gian lận, trốn thuế, gây ra tình trạng thất thu cho ngân sách Nhà nước. Hóa đơn điện tử với những tiện ích nổi bật được kì vọng sẽ góp phần ngăn chặn nạn mua bán hóa đơn bất hợp pháp khi được triển khai rộng rãi trên toàn quốc. Tuy nhiên, vẫn còn những thách thức khi áp dụng hình thức hóa đơn mới rộng rãi, đòi hỏi những biện pháp đồng bộ trong hoàn thiện cơ sở pháp lý và thanh kiểm tra thường xuyên từ cơ quan Thuế, để đảm bảo sự minh bạch trong môi trường kinh doanh.