Việc khoanh nợ, xóa tiền thuế nợ, tiền chậm nộp, tiền phạt là chính sách lớn, nhiều nội dung nằm ngoài quy định của Luật Quản lý thuế hiện hành và dự kiến số tiền xóa nợ theo tiêu chí trong tờ trình của Chính phủ là rất lớn, có thể tác động đến số thu ngân sách nhà nước, liên quan đến ý thức tuân thủ pháp luật về thuế cũng như đảm bảo sự công bằng giữa người nộp thuế. Nhiều ý kiến cho rằng cơ quan thẩm tra và cơ quan soạn thảo cần xem xét thận trọng, đảm bảo công bằng, minh bạch, không làm thất thu ngân sách nhà nước.