Áp dụng hóa đơn điện tử giúp tiết kiệm chi phí cho doanh nghiệp và cho toàn xã hội; giúp Cơ quan thuế xây dựng cơ sở dữ liệu về hóa đơn. Cơ quan thuế và các cơ quan khác của nhà nước không tốn nhiều chi phí, thời gian đối chiếu hóa đơn như hiện nay từ đó góp phần ngăn chặn kịp thời hóa đơn của các doanh nghiệp bỏ trốn, mất tích; ngăn chặn tình trạng gian lận thuế, trốn thuế, đảm bảo hoàn hành mục tiêu trong công tác quản lý thuế là thu đúng, thu đủ, thu kịp thời vào ngân sách nhà nước và tạo được sự đồng thuận cao trong cộng đồng doanh nghiệp, người nộp thuế hướng tới cải thiện môi trường kinh doanh .