Tuy nhiên, sự đóng góp nghĩa vụ của ngành này cho ngân sách lại là một vùng tối pháp lý với rất nhiều khó khăn, cả về phía cơquan thuế lẫn người kinh doanh thương mại điện tử. Quản lý thuế thế nào cho hiệu quả cũng như để thuế không phảilà tận thu mà sẽ thúc đẩy tạo ra nguồn thu lớn vẫn luôn là câu hỏi cịn bỏ ngỏ đối với lĩnh vực kinh doanh thương mại điện tử ở Việt Nam.