Bên cạnh những đánh giá về chất lượng điều hành kinh tế cấp địa phương, khảo sát PCI hàng năm cũng tìm hiểu những khó khăn chủ yếu mà doanh nghiệp đang phải đối diện. Báo cáo PCI 2021 đã chỉ ra khó khăn lớn nhất mà doanh nghiệp gặp phải trong hoạt động sản xuất kinh doanh năm vừa qua gồm: tìm kiếm khách hàng, tiếp cận vốn, biến động thị trường, tìm kiếm nhân sự thích hợp, và tìm kiếm đối tác kinh doanh. Chính quyền các địa phương có thể sử dụng những thông tin này để xác định những lĩnh vực trọng tâm cần tập trung hỗ trợ để tạo thuận lợi cho hoạt động sản xuất kinh doanh củacác doanh nghiệp. Điều này càng trở nên quan trọng hơn trong năm 2022 khi các tỉnh, thành phố tại Việt Nam đang triển khai nhiều giải pháp nhằm vực dậy khu vực doanh nghiệp trong nước vốn chịu ảnh hưởng nặng nề của đại dịch COVID-19