Hệ thống đường sắt hình thành hơn 130 năm nhưng mạng lưới bao nhiêu năm qua vẫn như cũ, không xây dựng thêm được những tuyến mới để kết nối các vùng miền khác. Hiện chưa có một hệ thống ga nào kết nối đến các cảng biển, chưa hình thành một trung tâm logistic. Là phương thức có thế mạnh trong vận chuyển hàng hóa, nhưng do khó khăn về cơ chế, chính sách, đặc biệt là nguồn vốn đầu tư nên hiện tại vận tải của ngành chỉ chiếm chưa đầy 2% thị phần, đặc biệt gặp khó trong bài toán kết nối, thiếu động bộ, tạo thành điểm nghẽn, lãng phí nguồn lực xã hội.